Ein "Artikel" ist alles, was gekauft, aufbewahrt und/oder verkauft werden kann. Medikamente und Verbandsstoffe sind ebenso Artikel wie auch Büromaterialien etc. Unter Elexis sind einige Artikel-Untergruppen bereits vordefiniert, andere können nachträglich definiert werden. Für alle Artikel wird automatisch und ohne zusätzliche Software eine Lagerbewirtschaftung inklusive Bestellautomatik möglich.
Um einen Artikel auf Lager zu nehmen genügt es, seinen Ist- oder Sollbestand auf einen Wert grösser 0 zu ändern. Elexis betrachtet diesen Artikel dann als Lagerartikel und wird ihn fortan bei automatischen Bestellungen berücksichtigen, so dass sein Istbestand möglichst zwischen Mindest- und Höchstbestand gehalten wird.
Die Abbuchung eines Artikel aus dem Lagerbestand erfolgt automatisch, wenn dieser Artikel einem Patienten verrechnet wird. Die Einbuchung dagegen muss manuell erfolgen, wenn eine Lieferung eintrifft.
Dies geschieht in der Perspektive "Bestellungen" (Nicht unbedingt überraschend). Auf der linken Seite sehen Sie eine View mit verschiedenen Artikeltypen sowie Lagerartikeln (d.h. alles, was am Lager gehalten wird), rechts die aktuelle Bestellung, welche anfangs leer ist.
Oben rechts finden Sie die Werkzeugleiste des Bestellungen-Views. Wenn Sie mit der Maus kurze Zeit über einem Knopf verweilen erscheint eine Beschreibung der Funktion dieses Knopfes. Ganz links 
ist der Knopf zum automatischen Erstellen einer Bestellung. Wenn Sie auf diesen Knopf klicken, wird Elexis jeden Artikel bestellen, welcher im Lager in einer geringeren Zahl als der MIndestzahl vorhanden ist. Und zwar werden soviele bestellt, dass die Maximalzahl erreicht wird.
Wenn Sie eine Bestellung nicht automatisch erstellen wollen, können Sie auch einfach die gewünschten Artikel aus dem linken Fenster in die Bestell-Liste ziehen. Beim ersten Artikel werden Sie gefragt, wie die Liste heissen soll. Geben Sie irgendeinen Namen ein (automatische Listen erhalten immer den Namen "Automatisch"). Der Name wird immer noch um Datum und Uhrzeit ergänzt.
Sie können selbstverständlich auch Mischformen aus automatischen und manuellen Listen erstellen, indem Sie zunächst eine automatische Liste anlegen lassen, und diese dann manuell anpassen. Sie können zusätzliche Artikel aus dem linken Fenster daraufziehen, oder vorhandene Artikel nach Klick mit der rechten Maustaste entfernen bzw. deren Zahl ändern.
Der nächste Knopf 
dient dem Speichern der Liste, darauf folgt der Knopf 
mit dem Sie eine gespeicherte Liste wieder einlesen können.
Mit dem Knopf 
erstellen Sie eine druckbare Version der Liste. Sie benötigen dazu eine Textvorlage namens "Bestellung", die Sie nach Ihrem Geschmack gestalten können. Sie muss an beliebiger Stelle den Platzhalter [Bestellung] enthalten; an dieser Stelle werden die bestellten Artikel eingefügt. Die so erstellte Liste können Sie ausdrucken und per Fax oder Post zum Lieferanten übermitteln.
Falls Artikel mehrerer Lieferanten in der Liste vorhanden sind, werden jeweils nur die Artikel eines Lieferanten in die druckversion übernommen.
Der letzte Knopf schliesslich 
dient der direkten Artikelbestellung via Internet. Diese Funktion hängt davon ab, ob für den gewählten Lieferanten ein entsprechendes Plugin existiert und installiert ist.
